Eo biển mang tên tiếng Anh của nó từ thương nhân kiêm chỉ huy tàu truy lùng người Anh thế kỷ 16 là Francis Drake. Con tàu duy nhất còn lại của Drake, sau khi đi qua eo biển Magellan, đã bị gió thổi trôi xa về phía nam vào tháng 9 năm 1578. Sự cố này ngụ ý một vùng nước mênh mông giữa 2 đại dương là Đại Tây Dương và Thái Bình Dương.

Nửa thế kỷ trước, sau khi một cơn gió bão đẩy họ về phía nam từ lối vào eo biển Magellan, đoàn thủy thủ của nhà hàng hải người Tây Ban Nha Francisco de Hoces nghĩ rằng họ đã nhìn thấy một điểm cuối của vùng đất liền và có thể đã suy đoán ra eo biển này vào năm 1525. Vì lý do này, một số nhà sử học và các nguồn tài liệu tham khảo của Tây Ban Nha và Mỹ Latinh đã gọi nó là Mar de Hoces (nghĩa đen: biển Hoces) theo tên của Francisco de Hoces.

Chuyến đi đầu tiên qua eo biển được ghi chép lại là của tàu Eendracht, được chỉ huy bởi nhà hàng hải người Hà Lan Willem Schouten vào năm 1616, đã đặt tên cho Cape Horn trong quá trình này.

Sự quá cảnh bằng sức người đầu tiên (bằng cách chèo thuyền) qua eo biển này đã được hoàn thành vào ngày 25 tháng 12 năm 2019, bởi thuyền trưởng Fiann Paul (Iceland), thuyền phó một Colin O'Brady (Hoa Kỳ), Andrew Towne (Hoa Kỳ), Cameron Bellamy (Nam Phi), Jamie Douglas-Hamilton (Anh) và John Petersen (Mỹ).